Uitgangspunt van het verzamelbeleid van Het Natuurhistorisch is het versterken en behouden van de bestaande collecties. De versterking (veelal door uitbreiding maar ook door selectie en afstoting) vindt plaats vanuit een viertal ‘beheersperspectieven’ die voortkomen uit het beleidsuitgangspunt dat Het Natuurhistorisch een Rotterdams/regionaal natuurhistorisch museum is: (1) de stad (het urbane), (2) de delta, (3) de biodiversiteit en (4) de presentaties. 

1 Het urbane perspectief
Dit perspectief heeft de stad als verzamelgebied. Er zijn dwarsverbanden met (2) en met de historisch gegroeide collecties vogels, zoogdieren en geleedpotigen. Een sterke inbreng van Bureau Stadsnatuur is noodzakelijk, waarmee een directe link bestaat tussen de collectie en het lopende onderzoek. In Nederland is geen ander natuurhistorisch museum dat dit urbane uitgangspunt zo nadrukkelijk en zo actief hanteert.

2 Het deltaperspectief
Dit perspectief heeft een sterk regionaal karakter en betreft fossielen uit de Noordzee, de grote rivieren en de Zeeuwse Stromen, vissen (uit binnen- en buitenwater) en overige (zee)dieren en planten van de Hollandse kust. Hier zijn dwarsverbanden met (3), met name de schelpencollectie.

Deze twee perspectieven tekenen Het Natuurhistorisch als regionaal en Rotterdams museum en geven het daarmee een unieke positie.

3 Het biodiversteitsperspectief
Dit perspectief weerspiegelt de wortels van de collectie, namelijk de schelpen, insecten en gewervelden (vogels, vissen, zoogdieren, amfibieën en reptielen) die vanouds de kern van de collectie vormen, en materiaal uit de (oude) Rotterdamsche Diergaarde. Door deze historisch gegroeide collectie-onderdelen te plaatsen in het kader van de (mondiale) biodiversiteit krijgen ze een actuele betekenis.

4 Het presentatieperspectief
Dit perspectief beziet de collectie vanuit esthetisch en educatief-informatief oogpunt: is het object mooi/interessant om te exposeren? De wetenschappelijke beheercriteria (vindplaats, vinddatum, vinder) zijn hier van ondergeschikt belang. Dat geldt ook voor het echtheidsprincipe: verwerven en bewaren van replica’s is toegestaan en soms onvermijdelijk. Binnen dit beheerperspectief valt ook de educatieve ‘uitleencollectie’, alsmede de niet-natuurhistorische voorwerpen zoals kunstwerken, foto’s, vangmiddelen en parafernalia.

Binnen de kaders van de vier beheersperspectieven hanteert Het Natuurhistorisch een actief verzamelbeleid. Bij perspectieven 1, 2 en 3 (urbaan, delta en biodiversiteit) zijn de vier v’s (vindplaats, vinddatum, vinder/verzamelaar en vondstomstandigheden) vereist om een object in de collectie op te nemen. Bij 4 (presentatieperspectief) niet. Wettelijke kaders zijn hierbij ook van toepassing. Met actief verzamelen wordt zowel fysiek verzamelen (oprapen, opvissen, uithakken, vangen, plukken, enzovoort) bedoeld, als het verwerven van bestaande (privé)collecties. Medewerkers, publiek en het professionele netwerk van Het Natuurhistorisch spelen hierbij een rol. 

Collecties/objecten die niet in de vier beheersperspectieven vallen, komen niet voor opname in de collectie in aanmerking en/of worden afgestoten. Actief verzamelen betekent nadrukkelijk níet dat er sprake kan zijn van een ongebreidelde groei. De vier beheersperspectieven zijn breed, maar de opslagruimte, de financiën en het aantal medewerkers zijn beperkt. Daarom moet er sprake zijn van geconcentreerde groei met kwaliteit: daar waar leemtes zijn, aanvullen van (langlopende) series, uniek materiaal van verloren vindplaatsen, historische collecties. Het urbane verzamelperspectief is sterk met de identiteit van Het Natuurhistorisch verbonden maar nog niet in alle deelcollecties vertegenwoordigd met specimina. Dit verzamelgebied heeft de volle aandacht van het museum.

'Actief' verzamelen betekent dat Het Natuurhistorisch middels haar netwerk en publicaties laat weten dat zij aanbiedingen van privécollecties snel en serieus behandelt, en de collecties een goed onderkomen biedt. Feitelijk is dit passief verzamelen. Actief verzamelen in het veld gebeurt ook. Dit betreft bijvoorbeeld ‘vissen’ naar zoogdierfossielen in de Noordzee, het bergen van een potvis, boren naar muizenkiezen, zoeken naar verkeersslachtoffers onder vogels en zoogdieren, zoeken naar schelpen en andere ongewervelden op het strand en het verzamelen van stadsflora. Het publiek speelt hierbij ook een rol: steeds vaker attenderen zij het museum op natuurvondsten of brengen die langs. Hierdoor is ook een actueel beeld ontstaan van (veranderingen in) de natuur in de regio.

Het verzamelbeleid van Het Natuurhistorisch is verwoord in het Collectieplan 2023-2028.